Hafni có 5 đồng vị ổn định cùng một loạt các đồng vị không ổn định với nguyên tử lượng từ 153 tới 188. Theo tỷ lệ phổ biến thì Hf180 (35,1 %), Hf178 (27,297 %), Hf177 (18,606 %) và Hf179 (13,629 %) và Hf176 (5,206 %) là phổ biến nhất, chiếm tổng cộng 99,84% toàn bộ các đồng vị tự nhiên của hafni. Chúng cũng là các đồng vị ổn định. Đồng vị phóng xạ có trong tự nhiên là Hf174 với chu kỳ bán rã 2×1015 năm, chiếm 0,162%. Đồng vị phóng xạ tổng hợp ổn định nhất là Hf182 có chu kỳ bán rã 9×106 năm. Đa phần các đồng vị khác và đồng phân hạt nhân có chu kỳ bán rã rất nhỏ.